Die funktionelle Verstopfung basiert auf einer neuronalen Störung des Darmes, für die keine medizinischen Gründe gefunden und keine organischen Ursachen festgestellt werden können. Bei einer funktionellen Verstopfung passiert der Stuhlgang den Dickdarm in den meisten Fällen mit einer normalen Geschwindigkeit. Der Darm ist ansonsten gesund, dennoch wird die Stuhlabgabe als schwierig empfunden.
Die funktionelle Verstopfung beruht überwiegend auf neuronalen Fehlfunktionen im Zusammenspiel der unterschiedlichen Zellen des Magen-Darm-Traktes insbesondere mit den Nervenzellen. Alle üblichen Untersuchungsmethoden zur Darmgesundheit ergeben keinen auffälligen Befund.
Die funktionelle Verstopfung wird zu den weit verbreiteten neurogastro-enterologischen Gesundheitsstörungen gezählt. Symptome unterschiedlicher Beschwerdestärken finden sich bei bis zu einem Drittel aller Menschen.